石墨坩埚具有体积密度大、耐高温、传热快、高温强度高、抗氧化性高等优点，还具有抗酸碱性能，但对于一些原料的精炼，在坩埚使用后的清洗工作是非常麻烦的。
清洗石墨坩埚的主要工作是将坩埚内的化学物质进行清洁，需要根据石墨坩埚内的残留物质是什么决定用什么东西来清洗，一般石墨坩埚上的附着物是无机残渣，可以用盐酸来清理，大部分可以溶解，有些残渣中含有碳成分，使用盐酸是无法进行溶解的，需要使用硝酸，因为硝酸具有较强的氧化性，在清洗过程中可以加热。
石墨坩埚需要保持清洁，内外应光亮，长时间燃烧后，坩埚外观可能暗淡，长时间会深入坩埚内部，易碎断裂，所以一定要清除不洁净的东西。如果表面扔发黑，则通过100筛目的无尖锐棱角的细沙、水润轻轻摩擦，使表面光泽度高。
清洁材料时，应在稀盐酸或硝酸中煮沸。注意，使用的盐酸不应含有硝酸、硝酸盐、卤素和其他氧化剂。如果稀硝酸不干净，则使用焦硫酸钾、碳酸钠或硼砂熔体清洗。